и начини на које се инфекција шири могу бити различити. Колонизација посредована патогенима може се у ствари одвијати кроз:
- Узлазни пут из бешике (најчешћи): из перинеума (или из вагиналног предворја, у случају женских пацијената), микроорганизми се пењу у уретру, затим у бешику, до бубрега; главни узроци инфекција за жене састоји се у деформацији уретре током сексуалног односа, док је за мушкарце то често секундарно с простатитисом. Код катетеризираних пацијената до контаминације може доћи након постављања или манипулације катетером, с посљедичним могућим успоном патогена у мјехур .
- Силазни ток крви: крвотоком, током септикемије, патогени допиру до бубрега изазивајући нефритис и бубрежне апсцесе.
- Силазни лимфни пут: мрежа лимфних судова повезује узлазно дебело црево са десним бубрегом и силазно дебело црево са левим бубрегом.
Микроорганизми укључени у пијелонефритис обично су исти одговорни за инфекције уринарног тракта, гениталног и гастроинтестиналног тракта, дакле у бешику, простату, грлић материце, вагину, уретру или ректум: Есцхерицхиа цоли, Клебсиелла спп., Протеус спп., Ентероцоццус спп. итд.
У већини случајева ови патогени представљају бактерије фекалне флоре, које иду узлазном путањом иако генерално перисталтика (покрети контракција и растезање зидова уринарног тракта) врши „ефикасно заштитно дејство против инфекција.
Повремено се пријављују и други необични микроорганизми: микобактерије, квасци и гљивице, као и опортунистички патогени попут Цоринебацтериум уреалитицум.
