Биљна ћелија има неке посебности које јој омогућавају да се разликује од животињске; ово укључује високо специфичне структуре, попут ћелијског зида, вакуола и пластида.
Ћелијски зид
Ћелијски зид чини спољни омотач ћелије и представља неку врсту крутог омотача који у суштини чини целулоза; његова посебна снага штити и подржава биљну ћелију, али смањена пропустљивост омета размену са другим ћелијама. Овај проблем се решава малим рупама, тзв плазмодесми, које прелазе зид и доњу мембрану, комуницирајући својим цито половима.
Уопштено, зидови биљних ћелија представљају „широку променљивост у изгледу и саставу, чиме одговарају на функционалне потребе ткива које их угошћује (цутин се, на пример, противи прекомерној транспирацији и стога је обилан на спољној површини делови епигеја биљака које живе у нарочито сушном окружењу).
Вацуолес
Врло често у биљној ћелији налазимо велику вакуолу, односно везикулу омеђену мембраном сличном ћелијској (тзв. тонопласт), који садрже воду и супстанце које цитоплазма садржи у вишку (антоцијани, флавоноиди, алкалоиди, танини, етерична уља, инулин, органске киселине итд. у односу на тип ћелије). Вакуоле стога делују као депозит резервних и отпадних материја и играју важну улогу у одржавању осмотске равнотеже између ћелије и спољашњег окружења; мали и бројни док су млади, са годинама се повећавају.
Пластиди и хлоропласти
У цитоплазми биљне ћелије, поред органела карактеристичних за животињу (митохондрије, језгро, ендоплазматски ретикулум, рибосоми, Голгијев апарат итд.), Налазимо органеле различитог броја и величине, назване пластиди. Садрже одређене пигменте, односно обојене супстанце, као што су каротеноиди и хлорофили; први имају боју у распону од жуте до црвене, док смарагдне нијансе хлорофила дају многим биљкама типичну зелену боју.
Присуство хлорофила у неким пластидама, из тог разлога званог хлоропласти, даје биљној ћелији способност да врши фотосинтезу хлорофила, односно аутономну синтезу органских супстанци које су јој потребне; у ту сврху користи светлосну енергију Сунца и неорганска једињења која апсорбује атмосфера (угљен -диоксид) и земља (вода и минералне соли). Све у свему, низ биохемијских корака који управљају фотосинтезом хлорофила може се сажети у класичну реакцију:
12Х2О (вода) + 6ЦО2 (угљен -диоксид) → Ц6Х12О6 (глукоза) + 6О2 (кисеоник) + 6Х20 (вода)
Ако су митохондрије упоредиве са „електранама“ којима се поверава рушење хранљивих материја, хлоропласти биљне ћелије су слични „фабрикама“ одговорним за изградњу истих супстанци. Митохондрије и хлоропласти представљају једине ћелијске структуре са сопственом ДНК, способне да се реплицирају и да се преносе са једне генерације на другу путем женских полних ћелија.
Хлоропласти су омеђени двоструком мембраном, чији се најунутарњи део пресавија у разрађен систем спљоштених и међусобно повезаних мембрана, названих тилакоиди, уроњени у аморфну супстанцу, строму, где се налазе ензими из Цалвиновог циклуса (тамна фаза фотосинтезе) .
Осим хлоропласта, у биљној ћелији налазимо и пластиде богате жуто-црвеним пигментима (тзв хромопласти) и други који садрже резервне супстанце (леукопласти, нарочито амилопласти ако су одговорни за накупљање скроба).
