Мирис фекалија углавном је повезан са трулежним процесима који утичу на аминокиселине избачене из цревне апсорпције. Ове хранљиве материје у ствари пресрећу бактерије дебелог црева, подвргавајући се процесу декарбоксилације који производи следеће токсичне амине:
аргинин → агматин
цистин и цистеин → меркаптан
хистидин → хистамин
лизин → кадаверин
орнитин → путресцин
тирозин → тиратина
триптофан → индол и скатоле
Многе од ових супстанци дају столици посебно непријатан мирис. Столице постају прилично непријатне чак и када остану у цревима дуже време, као и у горе наведеним случајевима малапсорпције (целијакија, инсуфицијенција панкреаса, цревне инфекције, Црохнова болест, улцерозни колитис, синдром кратког црева, цистична фиброза, јетра болести и болести билијарног тракта и желуца праћене хипохлорхидријом). Када се малапсорпција углавном састоји од протеина, мирис измета је мучан, док постаје трпак и продоран када велике количине неапсорбираних или лоше пробављених шећера и шкроба стигну у дебело цријево, а затим их ферментира локална флора с производњом хлапљивих масних киселина .
Пролив и измет вегетаријанца имају лош мирис.
Измет са мирисом рибе или сперме карактеристичан је за бациларну дизентерију, колеру и опћенито за мукореју.
Укратко, на мирис измета стога утичу прехрамбене навике (количина протеина, ароматична храна попут белог лука или лука итд.), Цревна бактеријска флора, здравствено стање и одређене навике (попут пушења или жвакања) Опћенито, конзумација малих и добро избалансираних оброка, без повезивања великих количина "некомпатибилне" хране (види дисоцирану исхрану), помаже у оптимизацији пробавних процеса, смањујући учесталост поремећаја као што су метеоризам и надутост, те даје столица мирис суи генерис.
Сваки случај у којем је лош мирис столице праћен симптомима као што су црна, катранаста или бледа столица, присуство крви у њој, грозница, зимица, тешки грчеви у трбуху, обилно присуство слузи у столици и губитак тежине.
